O projeto arquitetônico do novo templo, que terá capacidade para acomodar 6 mil pessoas sentadas, e que poderá acolher em aglomeração até 10 mil fiéis, foi elaborado pela arquiteta Cynara de Siqueira, que utilizou um estilo arquitetônico clássico com elementos contemporâneos.
O Novo Santuário vai se destacar pela altura – a cúpula terá 94 metros de altura, o equivalente a um prédio de 30 andares – pela perspectiva de sustentabilidade ecológica e pela praça elevada.
Em forma de cruz, o Novo Santuário ocupará uma área de 62 mil metros quadrados e será edificado numa praça elevada, pela topografia natural do terreno, em uma área de 15 alqueires goianos, a um quilômetro do atual Santuário. Para celebrações de missas campais, será construído um altar monumental e a praça elevada acolherá até cerca de 300 mil pessoas. Na praça, será erguido um campanário para os sinos, com 110 metros de altura.
Estão previstas 30 cabines individuais para confissão, além de salas de preparação e capela. Para celebrações diárias para até 500 pessoas, será construída uma capela de apoio, que ficará na projeção do altar do Santuário e, abaixo dela, uma cripta onde será exposto o Medalhão do Divino Pai Eterno, com rampas de acesso para visitação.
Na praça térrea, para atender as atividades a serem desenvolvidas, existirão capelas, um museu, sala dos milagres, auditório, local para queima de velas, lojas de produtos religiosos, salas de apoio aos romeiros com espaços destinados a alimentação, sanitários, etc.
Para a facilidade de acesso dos fiéis, o Novo Santuário contará com rampas nas laterais norte e sul, escadas pelo lado oeste, um conjunto de 4 elevadores que servirá o campanário, além de escadas e rampas rolantes. O projeto ainda contempla local para carreiros e estacionamento para 30 mil carros e 4 mil ônibus.